Por estos días Shelly ha estado empacando todo el equipo que necesitamos para la salida. Desde frascos, filtros y tubos de ensayo hasta las bombas de succión para filtrar las muestras. Va también nuestra ropa de campo y el material para colectar muestras: espátulas, serruchos para hielo, una pica, bolsas.
Shelly recibe de cada uno de nosotros una lista inicial con los materiales que necesitamos; luego verifica que estén en el laboratorio, hace un pedido de los materiales que faltan y empieza a empacar en unas neveras como las de la foto. Cada nevera tiene una lista con su contenido.
Ayer ya estaba todo empacado y nuestra labor fue revisar, lista por lista, que no se quedara nada. Hoy hay que sellar las neveras para el transporte y al medio día vendrá la compañía aérea de cargamento (Alaska Cargo) para llevar nuestro material hasta Barrow.
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Short English version
These days Shelly has been packing everything for our trip. From test tubes and flasks to vacuum pumps to filter our samples. Our field gear and assorted field materials such as ice saws and spatulas are also there.
We give Shelly lists with the materials we need. Then she looks for them in the lab or orders them if necessary, and packs everything in coolers. Each cooler has a list with its content.
Our task yesterday was to double check that all what we need is in the coolers. Today we'll be taping the coolers to get them ready for the cargo company (Alaska Cargo) to pick them up!
24/02/2011
23/02/2011
Barrow
(*Look for a short English version at the end of the post)
El lugar al que vamos se llama Barrow, Alaska. Es la ciudad más al Norte de Estados Unidos, y se encuentra muy cerca de Punta Barrow, el punto más al norte del país.
En el mapa localicé a Barrow (a donde voy), Seattle (en donde estoy) y Bogotá (de donde vengo). El mapa lo tomé de Open Street Map (si les interesa hacer mapas, recomiendo el enlace).
Según Wikipedia, Barrow ha sido habitado por Esquimales Inupiat desde hace más de 1000 años. Ellos conocen a este lugar como Ukpeagvik, o "el sitio donde se cazan búhos nivales".
Para los biólogos, el nombre científico del búho nival es Bubo scandiacus. Nunca he visto uno pero, si es tan bonito como el de la foto (wikipedia), me encantaría poder verlo.
En invierno el hielo marino del Ártico llega hasta la costa de Barrow. Además, al quedar a una latitud de 71°N, es muy probable ver auroras boreales; así que, además del pronóstico del tiempo, estaré siguiendo de cerca el pronóstico de auroras que se pueden encontrar en una página de la Universidad de Alaska Fairbanks.
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Short English version
We will be traveling to Barrow, the northernmost city of the United States, close to Point Barrow, the northernmost point of the United States. According to wikipedia, Barrow has been inhabited by Inupiat Eskimo people for more than 1000 years and they call this place Ukpeagvik or "place where snowy owls are hunted". For the biologists, the scientific name of Snowy Owls is Bubo scandiacus.
Barrow is interesting because, during winter time, Arctic sea ice reaches the coast. It is also interesting because at that latitude (71°N) is very likely to see Northern Lights, whose forecast (available at the Aurora Forecast website of the University of Alaska Fairbanks) I will be closely following during the next days.
El lugar al que vamos se llama Barrow, Alaska. Es la ciudad más al Norte de Estados Unidos, y se encuentra muy cerca de Punta Barrow, el punto más al norte del país.En el mapa localicé a Barrow (a donde voy), Seattle (en donde estoy) y Bogotá (de donde vengo). El mapa lo tomé de Open Street Map (si les interesa hacer mapas, recomiendo el enlace).
Según Wikipedia, Barrow ha sido habitado por Esquimales Inupiat desde hace más de 1000 años. Ellos conocen a este lugar como Ukpeagvik, o "el sitio donde se cazan búhos nivales".
En invierno el hielo marino del Ártico llega hasta la costa de Barrow. Además, al quedar a una latitud de 71°N, es muy probable ver auroras boreales; así que, además del pronóstico del tiempo, estaré siguiendo de cerca el pronóstico de auroras que se pueden encontrar en una página de la Universidad de Alaska Fairbanks.
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Short English version
We will be traveling to Barrow, the northernmost city of the United States, close to Point Barrow, the northernmost point of the United States. According to wikipedia, Barrow has been inhabited by Inupiat Eskimo people for more than 1000 years and they call this place Ukpeagvik or "place where snowy owls are hunted". For the biologists, the scientific name of Snowy Owls is Bubo scandiacus.
Barrow is interesting because, during winter time, Arctic sea ice reaches the coast. It is also interesting because at that latitude (71°N) is very likely to see Northern Lights, whose forecast (available at the Aurora Forecast website of the University of Alaska Fairbanks) I will be closely following during the next days.
21/02/2011
Cuando no son filtros, son botellas
(*Look for a short English version at the end of the post)
En la entrada anterior mencioné que los filtros son importantes para colectar las muestras. Sin embargo, hay ocasiones en las cuales lo que pasa a través del filtro es igualmente importante, y eso hay que colectarlo en una botella.
Al nivel práctico hay ciertas diferencias. Primero, las botellas ocupan mucho más espacio. Mientras que es posible guardar 200 filtros en una caja pequeña, es imposible hacerlo para 200 botellas de 10cm de alto. Segundo, los filtros vienen desde la fábrica listos para utilizar, mientras que las botellas hay que lavarlas y limpiarlas bien para su uso.
La semana anterior no tuve oportunidad de escribir pues me encontraba alistando 140 botellas para llevar al campo, y ésto me tomó más tiempo del que pensaba.
Lo primero que tuve que hacer fue seleccionar el tipo de botella que quería utilizar para mis muestras. Una vez decidido, Shelly, la técnica del laboratorio, me ayudó a buscar 140 botellas iguales, con sus respectivas tapas. Las botellas que seleccioné fueron las que aparecen a la derecha en la foto.
Una vez seleccionadas, las botellas deben limpiarse con ácido para eliminar posibles residuos pues, las botellas (especialmente las botellas de plástico), tienden a adsorber compuestos químicos en sus paredes, que luego pueden contaminar la muestra.
El primer paso consiste en lavar con agua (o agua y jabón) las botellas. Luego, éstas se sumergen por cierto tiempo en un baño de ácido clorhídrico al 10% para eliminar posibles contaminantes. Las botellas se sacan del baño de ácido y se enjuagan varias veces con agua de-ionizada para limpiar el ácido y asegurarse que no quede ningún residuo de ningún tipo. Finalmente se dejan secar hasta que el agua se evapore, y se tapan dejándolas listas para empacar.
En la foto pueden ver, de derecha a izquierda: un balde blanco con botellas que acaban de salir del baño de ácido para ser enjuagadas con agua de-ionizada. Un balde naranja con botellas listas para introducir en el baño de ácido, y unas rejillas donde se están escurriendo las botellas limpias.
Es un proceso largo y relativamente tedioso (especialmente la parte del enjuague), y un poco incómodo por el hecho de usar ácidos. Por supuesto, todo debe hacerse con la adecuada protección para la piel y los ojos, y con suficiente ventilación para evitar que los vapores del ácido irriten las mucosas. Pero es un proceso importante que garantiza la calidad de las muestras.
Al final de la semana, tenía mis 140 botellas listas para empacar!
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* Short English version
I mentioned in my last post that filters are very important to collect samples. However, there are cases in which it is important to collect what passes through the filter. For that, we use bottles. I will need 140 bottles for this trip.
Bottles are bulkier than filters and need to be thoroughly cleaned before use.
I did not have the chance to write very much last week since I was finishing a process that took me longer than expected: acid cleaning my bottles. This process ensures that the bottles will not have any contaminant adsorbed to the walls that could interfere with my samples. Bottles are first washed with water (or water and soap), then immersed for some time in a bath of 10% chlorhydric acid, then rinsed repeatedly with de-ionized water, then let dry and finally put the caps back and leave ready to pack!
En la entrada anterior mencioné que los filtros son importantes para colectar las muestras. Sin embargo, hay ocasiones en las cuales lo que pasa a través del filtro es igualmente importante, y eso hay que colectarlo en una botella.
Al nivel práctico hay ciertas diferencias. Primero, las botellas ocupan mucho más espacio. Mientras que es posible guardar 200 filtros en una caja pequeña, es imposible hacerlo para 200 botellas de 10cm de alto. Segundo, los filtros vienen desde la fábrica listos para utilizar, mientras que las botellas hay que lavarlas y limpiarlas bien para su uso.
La semana anterior no tuve oportunidad de escribir pues me encontraba alistando 140 botellas para llevar al campo, y ésto me tomó más tiempo del que pensaba.
Lo primero que tuve que hacer fue seleccionar el tipo de botella que quería utilizar para mis muestras. Una vez decidido, Shelly, la técnica del laboratorio, me ayudó a buscar 140 botellas iguales, con sus respectivas tapas. Las botellas que seleccioné fueron las que aparecen a la derecha en la foto.
Una vez seleccionadas, las botellas deben limpiarse con ácido para eliminar posibles residuos pues, las botellas (especialmente las botellas de plástico), tienden a adsorber compuestos químicos en sus paredes, que luego pueden contaminar la muestra.
El primer paso consiste en lavar con agua (o agua y jabón) las botellas. Luego, éstas se sumergen por cierto tiempo en un baño de ácido clorhídrico al 10% para eliminar posibles contaminantes. Las botellas se sacan del baño de ácido y se enjuagan varias veces con agua de-ionizada para limpiar el ácido y asegurarse que no quede ningún residuo de ningún tipo. Finalmente se dejan secar hasta que el agua se evapore, y se tapan dejándolas listas para empacar.
En la foto pueden ver, de derecha a izquierda: un balde blanco con botellas que acaban de salir del baño de ácido para ser enjuagadas con agua de-ionizada. Un balde naranja con botellas listas para introducir en el baño de ácido, y unas rejillas donde se están escurriendo las botellas limpias.
Es un proceso largo y relativamente tedioso (especialmente la parte del enjuague), y un poco incómodo por el hecho de usar ácidos. Por supuesto, todo debe hacerse con la adecuada protección para la piel y los ojos, y con suficiente ventilación para evitar que los vapores del ácido irriten las mucosas. Pero es un proceso importante que garantiza la calidad de las muestras.
Al final de la semana, tenía mis 140 botellas listas para empacar!
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* Short English version
I mentioned in my last post that filters are very important to collect samples. However, there are cases in which it is important to collect what passes through the filter. For that, we use bottles. I will need 140 bottles for this trip.
Bottles are bulkier than filters and need to be thoroughly cleaned before use.
I did not have the chance to write very much last week since I was finishing a process that took me longer than expected: acid cleaning my bottles. This process ensures that the bottles will not have any contaminant adsorbed to the walls that could interfere with my samples. Bottles are first washed with water (or water and soap), then immersed for some time in a bath of 10% chlorhydric acid, then rinsed repeatedly with de-ionized water, then let dry and finally put the caps back and leave ready to pack!
10/02/2011
Filtros
(*Look for a short English version at the end of the post)
En una de las entradas anteriores mencioné los Filtros.
Los filtros son de los elementos más importantes para nosotros porque permiten acumular y separar por tamaños organismos o partículas que se encuentren flotando en el agua. Usamos filtros para contar las células, para tomar muestras de materia orgánica y para colectar ADN. En la foto estoy sosteniendo uno de los muchos tipos de filtros que tenemos.
Los filtros vienen en varios tamaños, colores, materiales y con poros de diferentes tamaños(el tamaño del poro determina el tamaño del organismo o partícula que se colecta en el filtro). Se pueden conseguir filtros de celulosa, de fibra de vidrio, de nylon, de policarbonato... Los filtros pueden ser blancos o negros ... De 10, 20 o 100 mm de diámetro ... redondos o rectangulares ...
Hay compañías enteras que se dedican a producir filtros. Un catálogo de filtros, incluyendo todas las combinaciones de forma-tamaño-hueco, puede fácilmente tener más de 200 tipos de filtros diferentes.
En esta salida de campo yo planeo necesitar alrededor de 300 filtros de tres o cuatro tipos distintos, y cuyo material sea resistente a ciertos productos químicos que voy a utilizar más adelante en mis experimentos. Los filtros serán los primeros en estar listos para empacarse!
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* short English version
Filters are very important for us since they allow us to concentrate and separate by size particles and organisms floating in the water.
In the picture, I'm holding one of the many types of filters that we have in the lab.
Filters differ by size, color, shape, pore size... a filter catalog can easily have 200 different types of filters.
In this field effort I expect to be using around 300 filters of three or four different types. Filters will be the first to be ready to pack!
En una de las entradas anteriores mencioné los Filtros.
Los filtros son de los elementos más importantes para nosotros porque permiten acumular y separar por tamaños organismos o partículas que se encuentren flotando en el agua. Usamos filtros para contar las células, para tomar muestras de materia orgánica y para colectar ADN. En la foto estoy sosteniendo uno de los muchos tipos de filtros que tenemos.
Los filtros vienen en varios tamaños, colores, materiales y con poros de diferentes tamaños(el tamaño del poro determina el tamaño del organismo o partícula que se colecta en el filtro). Se pueden conseguir filtros de celulosa, de fibra de vidrio, de nylon, de policarbonato... Los filtros pueden ser blancos o negros ... De 10, 20 o 100 mm de diámetro ... redondos o rectangulares ...
Hay compañías enteras que se dedican a producir filtros. Un catálogo de filtros, incluyendo todas las combinaciones de forma-tamaño-hueco, puede fácilmente tener más de 200 tipos de filtros diferentes.
En esta salida de campo yo planeo necesitar alrededor de 300 filtros de tres o cuatro tipos distintos, y cuyo material sea resistente a ciertos productos químicos que voy a utilizar más adelante en mis experimentos. Los filtros serán los primeros en estar listos para empacarse!
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* short English version
Filters are very important for us since they allow us to concentrate and separate by size particles and organisms floating in the water.
In the picture, I'm holding one of the many types of filters that we have in the lab.
Filters differ by size, color, shape, pore size... a filter catalog can easily have 200 different types of filters.
In this field effort I expect to be using around 300 filters of three or four different types. Filters will be the first to be ready to pack!
7/02/2011
Empezamos a empacar!
(*Look for a short English version at the end of the post)
Las neveras para transportar el equipo de campo ya se encuentran en el corredor del laboratorio, listas para llenarse con todo nuestro equipo.
Ya sacamos del depósito las parkas, pantalones y otra ropa de campo, para airearlos y dejarlos listos para una nueva expedición.
Los materiales que vamos a llevar han comenzado a agruparse en un solo sito para, poco a poco, ir organizándolo en las neveras.
Los colegas que pasan por el corredor, comentan: "ah! salida de campo!".
Es oficial: empezamos a empacar para el viaje.
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* short English version
Coolers are in the corridor; parkas, pants, boots and other fieldwork clothing has been brought up from the deposit. Field materials start to pile up waiting to be organized in the coolers. Colleagues comment "ah! field work!".
It's official: we started packing.
Las neveras para transportar el equipo de campo ya se encuentran en el corredor del laboratorio, listas para llenarse con todo nuestro equipo.
Ya sacamos del depósito las parkas, pantalones y otra ropa de campo, para airearlos y dejarlos listos para una nueva expedición.
Los materiales que vamos a llevar han comenzado a agruparse en un solo sito para, poco a poco, ir organizándolo en las neveras.
Los colegas que pasan por el corredor, comentan: "ah! salida de campo!".
Es oficial: empezamos a empacar para el viaje.
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* short English version
Coolers are in the corridor; parkas, pants, boots and other fieldwork clothing has been brought up from the deposit. Field materials start to pile up waiting to be organized in the coolers. Colleagues comment "ah! field work!".
It's official: we started packing.
1/02/2011
Planes
(*Look for a short English version at the end of the post)
Por estos días todo se trata de hacer planes. Ya sabemos cúando vamos a viajar. Pero para saber qué empacar hay que decidir primero qué vamos a hacer en el viaje. Y cómo vamos a hacerlo. Y por qué. Eso requiere pensar simultáneamente en varios niveles. En el nivel más general, tenemos que definir el objetivo y las preguntas para responder. Como lo mencioné en la entrada anterior, nuestro objetivo principal consiste en entender la función que la nieve salada cumple como un hábitat para microorganismos marinos, y a la vez entender las estrategias que estos microorganismos tienen para poder vivir en la nieve salada.
Ya teniendo las preguntas, se puede pensar en cómo responderlas. Cuáles muestras son las más apropiadas para tomar. Cuántas muestras se pueden tomar y procesar en los 9 días de viaje. Qué parámetros necesitamos medir. Por ejemplo, si queremos estudiar la nieve salada como un hábitat, tenemos que poder determinar cuántos microbios se encuentran en su interior.
En ese momento hay que empezar imaginarse cómo se van a tomar las muestras. Siguiendo con el ejemplo, si queremos tomar muestras para contar cuántos microbios hay por centímetro cúbico de nieve, necesitamos saber cómo se toma una muestra de nieve. Vamos a usar una pala o una pica? vamos a guardar la nieve en bolsas plásticas grandes o pequeñas? Qué se hace después con la nieve?
La nieve para conteos microbianos se derrite, luego se filtra por un filtro con huecos lo suficientemente pequeños para retener la mayoría de microbios y luego el filtro se procesa para poder mirar los microbios al microscopio (los huecos del filtro tienen 0.2 micrómetros; es como dividir un milímetro en 5000 partes). A medida que se van detallando todos los protocolos, se escribe una lista con todos los materiales. Por ejemplo, cuántos filtros necesito llevar? Luego coloco una foto de un filtro.
Cada persona prepara las salidas de campo de una manera distinta. A mi me gusta escribir todos los pasos, para estar segura que no se me olvida nada y para poder imaginarme, con todos los detalles, qué es lo que voy a hacer durante el viaje. Es como escribir una historia acerca de algo que va a pasar en el futuro. La foto es de mi computador (con los planes que estoy escribiendo) y un peluche que se llama Laika, que probablemente me acompañe en el viaje.
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* Short English version
These days everything is about planning. We need to know what are we going to do, why are we doing it and how is it going to happen. That requires thinking simultaneously at different levels. Defining the objectives, deciding which questions are going to be asked and what measurements can be taken in the time available.
As I mentioned before, our main interest is to determine what is the role of saline snow as a microbial habitat. One of the measurements we need is the number of microbes present in the snow. Having this objective in mind, the next step is to think about the procedure. In order to do microbial counts it is necessary to take a snow sample, melt it and filter it. What do we use to collect the snow? a shovel? how many bags will be need to store it? how many filters?
Each person plans field trips in a different way. I like to write everything down, with all the details, so I am sure I'm not forgetting anything. It's like writing a story that is waiting to happen.
Por estos días todo se trata de hacer planes. Ya sabemos cúando vamos a viajar. Pero para saber qué empacar hay que decidir primero qué vamos a hacer en el viaje. Y cómo vamos a hacerlo. Y por qué. Eso requiere pensar simultáneamente en varios niveles. En el nivel más general, tenemos que definir el objetivo y las preguntas para responder. Como lo mencioné en la entrada anterior, nuestro objetivo principal consiste en entender la función que la nieve salada cumple como un hábitat para microorganismos marinos, y a la vez entender las estrategias que estos microorganismos tienen para poder vivir en la nieve salada.
Ya teniendo las preguntas, se puede pensar en cómo responderlas. Cuáles muestras son las más apropiadas para tomar. Cuántas muestras se pueden tomar y procesar en los 9 días de viaje. Qué parámetros necesitamos medir. Por ejemplo, si queremos estudiar la nieve salada como un hábitat, tenemos que poder determinar cuántos microbios se encuentran en su interior.
En ese momento hay que empezar imaginarse cómo se van a tomar las muestras. Siguiendo con el ejemplo, si queremos tomar muestras para contar cuántos microbios hay por centímetro cúbico de nieve, necesitamos saber cómo se toma una muestra de nieve. Vamos a usar una pala o una pica? vamos a guardar la nieve en bolsas plásticas grandes o pequeñas? Qué se hace después con la nieve?
La nieve para conteos microbianos se derrite, luego se filtra por un filtro con huecos lo suficientemente pequeños para retener la mayoría de microbios y luego el filtro se procesa para poder mirar los microbios al microscopio (los huecos del filtro tienen 0.2 micrómetros; es como dividir un milímetro en 5000 partes). A medida que se van detallando todos los protocolos, se escribe una lista con todos los materiales. Por ejemplo, cuántos filtros necesito llevar? Luego coloco una foto de un filtro.
Cada persona prepara las salidas de campo de una manera distinta. A mi me gusta escribir todos los pasos, para estar segura que no se me olvida nada y para poder imaginarme, con todos los detalles, qué es lo que voy a hacer durante el viaje. Es como escribir una historia acerca de algo que va a pasar en el futuro. La foto es de mi computador (con los planes que estoy escribiendo) y un peluche que se llama Laika, que probablemente me acompañe en el viaje.
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* Short English version
These days everything is about planning. We need to know what are we going to do, why are we doing it and how is it going to happen. That requires thinking simultaneously at different levels. Defining the objectives, deciding which questions are going to be asked and what measurements can be taken in the time available.
As I mentioned before, our main interest is to determine what is the role of saline snow as a microbial habitat. One of the measurements we need is the number of microbes present in the snow. Having this objective in mind, the next step is to think about the procedure. In order to do microbial counts it is necessary to take a snow sample, melt it and filter it. What do we use to collect the snow? a shovel? how many bags will be need to store it? how many filters?
Each person plans field trips in a different way. I like to write everything down, with all the details, so I am sure I'm not forgetting anything. It's like writing a story that is waiting to happen.
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