16/03/2011

Tiempo de partir / Time to leave

Ya terminamos de colectar y procesar todas las muestras y es tiempo de regresar a Seattle. Tenemos láminas para conteos de bacterias, filtros para medir polisacáridos particulados y botellas con líquido para medir polisacáridos disueltos. Estas muestras deben permanecer congeladas y protegidas durante el transporte.

Después de un poco de re-organización, Shelly y yo logramos empacar en una nevera pequeña todas las muestras, con una capa adicional de hielo y aislante para mantener baja la temperatura durante el transporte.

cooler packed!

De ahí regresamos a nuestra cabaña para empacar nuestras maletas y despedirnos de Barrow.

our hut

Viajamos el lunes en la tarde, dejando atrás la soleada Alaska para llegar a la lluviosa Seattle.




Leaving behind the sunny Alaska
sunny Alaska
Getting closer to the rainy northwest
rainy Seattle

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With all of our samples collected it is time to go back to Seattle. We have slides for microbial counts, filters for particulate polysaccharides and small bottles for dissolved polysaccharides. These samples must remain protected and frozen during transport.

After some reorganization, Shelly and I managed to accommodate all the samples in a small cooler, covered by a layer of ice to keep low temperatures during transport.

We returned to the hut to pack our personal effects and say goodbye to Barrow.
We traveled on Monday afternoon, leaving behind sunny Alaska, arriving to a quite rainy Seattle.

14/03/2011

Cómo derretir las muestras / How to melt the samples

(*Short English version at the end of the post)

Cómo derretir las muestras de hielo rápidamente sin aumentar la temperatura? De una vez les cuento que a mi correo llegó una respuesta bastante aproximada: colocar las muestras en un recipiente que sea buen conductor del calor.

Les hice la pregunta a ustedes porque esa era la misma pregunta que nos estábamos haciendo en nuestro segundo día de muestreo, después que las muestras del primer día tomaran más de 5 o 6 horas en derretirse. Nuestra estrategia de colocar las muestras sobre el mostrador a temperatura ambiente y esperar a que se derritieran (monitoreando que no aumentara la temperatura) no estaba funcionando, en especial porque las muestras hay que procesarlas lo más pronto posible.

Ese día, hablando con Alice, ella empezó a contar acerca de un experimento que había hecho en el colegio para una "feria de la ciencia". El experimento consistía en determinar cómo se derretía más rápido el hielo, si al colocarlo en contacto con el aire (mal conductor del calor) o al sumergirlo en agua (buen conductor del calor). Ella se quedó mirándonos un momento y dijo, "el resultado del experimento fue que el hielo se derrite más rápido al estar sumergido en agua". 

Derritiendo las muestras (de manera más eficiente)
Shelly y yo nos miramos.
Por supuesto, una solución sería colocar las muestras (que se encontraban dentro de bolsas bien cerradas) dentro de un recipiente con agua.

Dudamos un momento. Y si las bolsas se abrían accidentalmente? Cómo sostenerlas? Qué recipiente utilizar? .. parecía un poco complicado. Nos miramos nuevamente y miramos las muestras. De no hacer nada al respecto, las muestras estarían congeladas por varias horas, lo que nos obligaría a filtrar en altas horas de la noche.

Alice se despidió para dejarnos trabajar, pero antes de salir dijo nuevamente. "El resultado del experimento fue que el hielo se derrite más rápidamente al sumergirlo en agua".

Decidimos no dudar más y enfrentar los problemas técnicos. Acomodamos las muestras dentro de una de las neveras de campo con agua a medio llenar, de tal manera que las muestras no fueran a voltearse o a contaminarse con el baño de agua. Las muestras se derritieron en menos de una hora. Le debemos las gracias a Alice!

Thanks Alice!

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short English version

How to melt the samples fast without raising the temperature? I got a pretty close answer sent to my mail: place the samples in a container that is a good heat conductor.

I was asking you this question since that was the question, Shelly and I, we were asking on our second day of sampling. The smaller samples were taking up to 5 or 6 hours to melt when placed on the bench at room temperature.

Talking with Alice she recalled an experiment she had made for a science fair: melting ice in contact with water (good heat conductor) was faster than melting it in contact with air (bad heat conductor).

Shelly and I looked at each other. It sounded complicated. How to keep the bags upright? how to avoid water getting in the sample? Which container to use? We looked again at the samples. We knew that, unless we took action, they would take a long time to melt.

Alice said goodbye, but before leaving she mentioned "the result of the experiment was that ice melts faster when immersed in water".

We left doubts aside and faced the technical problems, placing the bags in a cooler half filled with water, in such a way that bags would not tilt or get water from the bath. Samples melt in one hour. We owe Alice big thanks!
 

13/03/2011

Filtrando en el cuarto frío / Filtering in the cold room

(*Short English version at the end of the post)

Ayer fue nuestro último día de campo y hoy, en medio de las noticias del terremoto en Japón, pasamos gran parte del día filtrando las muestras (ya derretidas) en el cuarto frío. Shelly estaba a cargo de las muestras para conteos celulares y yo estaba a cargo de las muestras para polisacáridos. 

Filtrar en el cuarto frío implica pasar varias horas en un cuarto a unos cuantos grados bajo cero, midiendo volúmenes de muestra para colocarlos en una torre de filtración, esperar a que el volumen se filtre y luego colectar el filtro (que en el caso de los conteos celulares se fija directamente en una lámina) o el filtro y el filtrado (que se congelan y se analizan de regreso en Seattle).

P3080144

Pasar tanto tiempo en el cuarto frío requiere una buena chaqueta, guantes y sombrero para evitar enfriarse demasiado. Yo, personalmente, he descubierto que es mejor llevar también las botas de campo.

A pesar del frío, sin embargo, filtrar a bajas temperaturas resulta muy importante para preservar los microorganismos que queremos observar. Varios de estos organismos son psicrófilos, es decir, pueden crecer a bajas temperaturas pero se mueren cuando son expuestos a temperatura ambiente. Por un lado, filtrar a bajas temperaturas disminuye la posibilidad que los microbios se multipliquen antes de que los colectemos en el filtro; por el otro, disminuye el riesgo de que los microbios se mueran antes de que podamos contarlos.

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Short English version

Yesterday was our last day in the field. Today, among the news of the earthquake in Japan, we spent most of the day filtering in the cold room. Shelly's on charge of samples for cell counts, I am in charge of samples for polysaccharides.

Cold room filtration demands a good pair of gloves, hat and a warm jacket. I've discovered that using the field boots is also a good idea.

In spite of the cold, filtering at low temperatures is important to maintain the quality of the sample. The microbes that we're studying are psycrophiles, that is, they grow at low temperatures but die at room temperature. Filtering at lower temperatures prevents, on one side, microbes from multiplying before we filter them out of the sample. On the other side, it prevents microbes from dying before we count them.